Linux中安装R、R安装依赖库遇到的错误_getoption("bioc_mirror")结果无效-程序员宅基地
1、安装R sudo apt-get update 时报错没有release
使用清华的镜像源
sudo apt-get update
报错：
导入镜像报错，原因为：
1）某些软件源（如阿里云镜像站）的 Release 文件丢失，导致无法更新相关软件包信息。
2）某些软件源的数字签名无效或已过期，可能存在潜在的风险。
3）某些软件源返回了 403 Forbidden 错误，表示无法访问或下载相关软件包
尝试解决没有找到Release文件（成功）：
1. 没有找到 Release 文件：这可能是由于软件源配置问题导致的。尝试更换软件源，使用以下命令备份原有的软件源配置文件并更换为官方源：
sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.backup
sudo sed -i 's/http:\/\/[^ ]\+/http:\/\/archive.ubuntu.com\/ubuntu\//g' /etc/apt/sources.list
然后运行 `sudo apt update` 再次尝试更新软件包列表。
虽然还是报错，但和之前不同，可以获取镜像内容了。
2. 无法认证源的数据：这可能是由于软件源的 GPG 密钥过期或缺失导致的。您可以尝试更新 GPG 密钥，使用以下命令导入新的 GPG 密钥：
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E08DA9
成功安装R语言！
2、R语言安装依赖库ggplot2 无法直接安装
尝试一：install.packages("ggplot2")
显示错误：安装程序包‘ggplot2’时退出状态的值不是0
因为显示没安装munsel，单独安装munsel与scales都是报相同的错误
尝试二：在官网下载ggplot2到本地，然后再下载到R中
R CMD INTALL ~/下载/ggplot2 --library=/home/hadoop/R/x86_64-pc-linux-gun-library/3.2
报错scales没下载
尝试三：
sudo apt-get install scales
sudo apt-get install ggplot2
尝试四：查到说，install.packages("ggplot2",type="binary")可以解决退出状态的值不是0的情况
尝试五，repo加下载地址
尝试六
要说多少遍非零状态的R包安装失败根本就不是看它本身 - 知乎 (zhihu.com)
https://zhuanlan.zhihu.com/p/362312121
bioPackages <-c(
"devtools", "ggplot2",
local({
r <- getOption( "repos" );
r[ "CRAN" ] <- "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/";
options( repos = r )
BioC <- getOption( "BioC_mirror" );
BioC[ "BioC_mirror" ] <- "https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/";
options( BioC_mirror = BioC )
})
# source( "https://bioconductor.org/biocLite.R" )
# 这行代码已经过时，新版本的R语言3.6.0已经不再使用
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
lapply( bioPackages,
function( bioPackage ){
if( !require( bioPackage, character.only = T ) ){
CRANpackages <- available.packages()
if( bioPackage %in% rownames( CRANpackages) ){
install.packages( bioPackage )
}else{
BiocManager::install( bioPackage, suppressUpdates = FALSE, ask = FALSE)
}
}
}
)
尝试七：我更新了R的版本，从3.2更新到3.6、再到4.3都不行
尝试八：更新版本还要更新R里面的所有安装包（成功）
update.packages(checkBuilt=TRUE,ask=FALSE)
第一次更新，有没安装成功的
第二次更新
成功全部更新
再尝试install.packages("ggplot2") 成功安装！
3、安装devtools出现错误，报错退出状态不是0，很明显这里报错是没安装cover、DT、git2r包，安装这些包之后可以重新安装devtools。注意安装包的时候要与devtools的版本兼容才行。
若在安装以上包也报错退出状态不为0，看是否提示要求安装其他包。只要跟着提示安装即可成功。
安装好兼容版本的包后成功安装devtools
总结：
安装包的时候可以看错误，如果他提示退出状态不为0，看提示是否还需要额外安装其他包，还要注意版本是否兼容。缺少包和版本不兼容都有可能报错。我前面安装ggplot2应该是误打误撞成功。还是要认真看报错信息！
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