vasp计算所需服务器配置 内容精选换一换简要介绍MISO(同工型混合物)是一种概率框架，可从RNA-Seq数据中定量分析可变剪接基因的表达水平，并鉴定样品中差异调控的同工型或外显子。通过从RNA-Seq中的同工型产生读数的...
”vasp计算脚本放在服务器的位置“ 的搜索结果
当前目录下有若干个作业在若干文件夹中。快速查看这些作业是否都正常结束了showOUTCAR.sh——-#!/bin/shfor file in `find . -type f -name “OUTCAR”`;doecho $filetail $filedone——–如果文件名下面都是类似...
vasp计算自由能脚本
标签： 热力学函数
从vasp的计算输出文件计算热力学函数 This script will calculate the zero point-corrected energy (ZPE) and Gibbs free energy change from 0 K to certain temperature (G(T)-G(0)) using vibrational data。
在上adv. metal课的时候就曾经遇到过这个问题，当然那个时候还是全靠手动去做nuclei move的锅，不过现在也会遇到这样的情况，就是我要提交一系列的任务，而这一系列的任务是有一定的规律的，目前从我遇到过的case来...
#!/bin/bash##PBS -l nodes=1:ppn=8#PBS -l walltime=240:00:00#PBS -N c#PBS -j oe#PBS -V# setup runfile# setup workpath and go to work direxport MPICHROOT=/opt/intel/impi/4.0.0.027/binexport VASPROOT=/ex...
目录-我和VASP的故事0 写在前面1 序言1.1 十一月的学习 0 写在前面 师从大师兄，有兴趣可以私信交流，学习教材来源：learn VASP The Hard Way VASP是什么？即Vienna Ab-initio Simulation Package，是维也纳大学...
vasp中计算neb过渡态文件脚本
所以, 我们需要一个脚本, 将VASP计算的流程进行改造. 改造的原则是支持不同文件名, 且不同文件之间可任意组合.创建赝势文件POTCAR的脚本整理好四种赝势文件, uspp.LDA, uspp.GGA, paw.LDA, paw.GGA, paw.P...
通过修改VASP代码，可以实现linearPCM(GLSSA13)溶剂化模型
一览前言CentOS 7 下SIESTA的安装配置gcc的安装安装gcc依赖库文件INSTALL ...区别于VASP的平面波基底，SIESTA基于原子轨道基底，且是免费的。科学研究人员可以免费获得其源码及赝势文件。 作为刚入门材料计算的小白...
PBS集群上手管理手册
标签： 经验分享
Linux常用指令 文件与目录操作 cd /home 进入 ‘/home’ 目录 cd .. 返回上一级目录 cd ../.. 返回上两级目录 cp file1 file2 将file1复制为file2 cp -r dir1 dir2 复制一个文件夹 ...
关于举办“分子动力学模拟及第一性原理计算方法与应用”系列培训班的通知 各有关单位: 分子动力学模拟、第一性原理计算被广泛用于生命科学、化学工程、物理、医药、材料科学、电子学等领域。由于传统实验需要大量...
谈到高性能计算，很多人都会想到那些每秒可以运行百万亿次、千万亿次计算的超级计算机，如最近炒得很火爆的“天河一号”、“曙光6000“等，但很少有人会想到上面跑的软件。其实，硬件只是基础，只是提供了平台和资源...
slurm用户操作手册
目录 … 1 大厂面试的基本流程 17 字节跳动 17 阿里 17 腾讯 18 网易游戏 18 面试前需要准备： 18 面试中可以借鉴的套路 19 用简历争取到更多的面试机会 19 自我介绍时，立即全面抛出技术栈和亮点 20 ...
量子化学程序Dalton的编译方法和运行方式简介文/Sobereva@北京科音 2019-Feb-11开源免费的量子化学程序Dalton(http://daltonprogram.org)虽然用起来比较复杂，对新手很不友好，但由于其擅长计算响应性质，是其它程序...
我的系统是red hat我用命令rpm查是否安装了某个软件（例如：matlab与fluent），得到了如下的结果：我用rpm -qa （| grep） matlab, 回车后没有任何显示我用rpm -qa fluent, 回车后没有任何显示我用rpm -qa vasp, ...
以下是zhang_jaj 的问题:你好，我想用towhee做NVT下argon气在surface面上nucleation过程。首先我想把potential选为LJ，surface与particles也是LJ作用， 1）问题是这个surface是需要用particles来make吗，如果是的话...
以下是zhang_jaj 的问题:你好，我想用towhee做NVT下argon气在surface面上nucleation过程，希望你给一些指导，首先我想把potential选为LJ，surface与particles也是LJ作用，1）问题是这个surface是需要用particles来...
(升级修改版1.1)集群配置(Torque安装配置+Maui安装配置+SSH免验证设置+节点共享目录(NFS服务)设置+NIS服务设置+用户硬盘空间限制和核心使用限制设置)异常详细版 制作者：甄江苏 时间：2017.07.03 ...
更多详细的教程可以在 VASP 研讨会的会议记录中找到（我们强烈建议所有新手一步一步地学习这些教程，可能需要几天时间，但应该会有收获）。与能量体积曲线拟合得到的晶格常数的微小差异是由于 Pulay 应力造成的（见...
本文讲述基本过程，具体操作还可能出现各种问题...linux ubuntu12.04 下的 vasp 5.2 的安装方法 http://blog.csdn.net/txcokokok/article/details/42219099。 系统和软件：Ubuntu 12.04， inter fortran compiler
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