分子动力学基础知识
lammps分子动力学基础
关于分子动力学是什么和本系列的flag
标签: 笔记
方阱势能函数特点:(1)不连续(2)距离>R,无相互作用力(3)距离,收到巨大的吸引力,体系势能降到-E(4)分子距离小于r,分子发生弹性碰撞不能继续靠近。四种相互作用力:万有引力,强核力,弱核力,电磁力。...
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分子动力学模拟的理论与实践 - 严六明的电子版书籍
分子动力学无定型氧化硅in文件及data文件14.3nm(19万原子) 采用分子动力学计算无定型二氧化硅结构,初始结构为Beta-silica 晶体,采用融化-退火方法,生成无定型结构,14.3nm,19万原子,文件包括in文件、势函数...
摘要:采用分子动力学方法研究Al2Cu的拉伸变形行为。建立 Al2Cu 分子动力学模拟模型,采用嵌入原子法模拟 Al2Cu 模型在常温、恒定工程应变速率的拉伸环
分子动力学模拟软件lammps编程实例。
AIMD_Toolkit 是一组用于处理从头算分子动力学轨迹的 Matlab 脚本。 使用 AIMD_Toolkit,您可以 从 VASP 输出 XDATCAR 读取轨迹 使用 VESTA 可读的 CHG 格式创建核密度 更多详情、使用方法,请下载后阅读README....
方法:采用分子动力学模拟与实验相结合的研究方法.结果:研究表明,色素溶液的热稳定性与其体系的势能值呈负线性相关,温度对其构象的影响可能通过调节侧链基团的分布来实现;当溶液pH为4.0~10.0时,体系势能值...
采用结合双温方程的分子动力学方法,数值模拟脉宽为200 fs,能量密度为30~45 mJ/cm2 的超快激光与CuZr非晶合金的相互作用过程。模拟结果表明:超快激光作用下CuZr 非晶材料中原子加热速度比普通晶态金属慢得多;作用...
Matlab代码可通过分子动力学模拟计算固液接触角 这些Matlab代码通过固体基质上液滴的分子动力学模拟来计算固液接触角。 所有代码都读取LAMMPS轨迹文件。 有关每种方法背后的理论以及适当引用代码的更多详细信息,请...
具有Lennard-Jones(LJ)势的分子动力学(MD)模拟的100行MATLAB实现。 特征 这是一个很小但有效的MD代码,对初学者特别有用。 它包含力评估功能的两个版本:“ find_force”和“ find_force_vectorized”。 在后者...
采用Adams嵌入原子势(EAM),利用分子动力学方法对单晶A1的熔化过程进行了模拟,分析了A1样品体熔化过程中结构、能量的变化及表面熔化过程中固一液界面的移动情况。模拟的结果表明:对于A1样品体熔化过程,体系的体积和...
MS分子动力学模拟具体实施步骤,应用material studio进行分子动力模拟
使用 VMD 分析分子动力学轨迹的脚本 描述 脚本将在给定 .gro 和 .xtc/.trr 文件的情况下运行分析。 (它期待 GROMACS 输出,但可以轻松调整其他类型的 MD 包输出)。 大多数分析目录(比如local-rmsd )都有一个...
lammps分子动力学、gromacs分子动力学、与第一性原理vasp
MDTraj:用于分子动力学轨迹分析的现代开放库 仅使用几行Python代码即可读取,编写和分析MD轨迹。 使用MDTraj,您可以 读取和写入每种可以想象的MD格式( pdb , xtc , trr , dcd , binpos , netcdf , mdcrd ...
该软件包实现了图动力学网络(GDyNet),该网络可以从分子动力学轨迹自动学习材料的原子尺度动力学。 下面的纸张描述了该方法的详细信息。 目录 如何引用 如果要使用GDyNet,请引用以下工作。 @article{xie_graph_...
分子动力学键角分析后处理软件
基于python的分子动力学模拟程序编写及应用.pdf
根据分子动力学计算输出的原子轨迹坐标数据,使用圆曲线拟合接触角
使用均匀非平衡分子动力学(HNEMD)进行热导率计算的350行C代码。 功能和限制 这是一个很小但有效的MD代码,对于对使用分子动力学模拟进行热导率计算感兴趣的初学者特别有用。 提供了一个matlab脚本来显示如何正确...
标签: 软件/插件
批量MD脚本和示例
采用分子动力学(MD)模拟的方法,计算了模型流体氩及氩/氪溶液的自扩散系数和互扩散系数,及其与温度的关系。计算结果表明:对不同状态下氩的自扩散系数的计算与实验结果符合较好,误差在 10%左右;采用Green Kubo法和...
使用C语言计算百万级别的分子动力学模拟结果的原子与原子之间的键角和距离
这个脚本包含许多函数,它们...这可以用来为分子动力学计算提供替代的起始构型。例如,速度可以根据温度来设定,然后某个特定分子的速度可以被赋予一个脉冲。或者,可以在不同的区域使用两种不同的温度来研究热导率。